O Projeto Rondon seleciona as regiões onde serão desenvolvidas as operações. Para a selação dos municípios que farão parte da operação, um representante da Coordenação-Geral do Projeto Rondon fará uma visita ao município.
A prefeitura é um importante ator na realização das operações do Projeto Rondon. O interesse, a participação e o engajamento do prefeito e seus representantes constituem fatores determinantes na seleção do município e no sucesso das ações e do trabalho dos rondonistas.